چنانچه هریک از حفاظ نسبت به نتیجه آزمون مرحله دوم در هر بخش اعتراض دارند، میتوانند حداکثر تا پایان وقت اداری روز چهارشنبه مورخ ۲۶ آبانماه، متن اعتراض خود را با درج نام و نام خانوادگی، نام پدر، کد ملی، شماره تلفن همراه و ثابت و رشته آزمونی خود، به شماره دورنگار ۶۶۹۵۵۹۷۹-۰۲۱ ارسال کنند. طبق اعلام دبیرخانه ارزیابی و اعطای مدرک تخصصی به حافظان قرآن کریم به اعتراضاتی که پس از تاریخ مذکور ارسال شود رسیدگی نخواهد شد.
محتوای سؤالات مربوط به آزمون کتبی مرحله سوم جهت دریافت مدرک حفظ درجه ۲ شامل ۶۰ سؤال چهارگزینهای از مباحث مربوط به مباحث مفردات از کتاب قاموس قرآن تألیف آیت الله قرشی و ۱۲۰ سوال از ترجمه و مفاهیم قرآن بر اساس ترجمه آیت الله مکارم شیرازی است.